Soul Eater ruota attorno agli studenti della Shinigami Buki Shokunin Senmon Gakkō, una scuola professionale per meister (maestri) e le loro buki (armi demoniache che possono assumere sembianze uman). La scuola è stata creata da Shinigami-sama, il Dio della Morte, che assolve anche alla funzione di preside.

Ogni meister combatte con una buki, sua compagna. Lo scopo finale della scuola è di mantenere la pace ed impedire che sorga un nuovo kishin: un meister demoniaco che ha quasi fatto sprofondare il mondo nel caos. A tal proposito gli studenti della scuola raccolgono le uova di kishin, che sono le anime umane malvage, e le danno in pasto alle loro buki. Assorbite 99 anime più quella di una strega, la buki diventa un'arma potente (Death Scythe) che potrà essere usata dallo Shinigami. Ovviamente per far in modo che gli studenti siano in grado di affrontare tale compito, meister e buki frequentano la scuola e le lezioni supplementari.

Durante il loro apprendistato, gli studenti, oltre a frequentare i corsi, affrontano le missioni che Shinigami-sama ordina loro. Quasi sempre si tratta di fronteggiare un nemico per poi poterne mangiare l'anima.

Maka Albarn
maestra di falce. Meticolosa e seria, è la figlia dell'attuale Falce della Morte di Shinigami-sensei, anche se non lo riconosce affatto come padre, perché si sta separando dalla madre, per questo vuole far diventare Soul la futura arma del preside, in modo da "declassare" il padre. Ha sempre considerato gli uomini dei "mostri" di cui non ci si può fidare, finché non ha conosciuto Soul. Ha la capacità di vedere l'anima delle persone e la "compatibilità" delle anime dei maestri d'armi con le loro buki.

Soul Eater Evans
La falce di Maka. Ribelle e sprezzante, è un ragazzo che cerca sempre di essere "cool" e detesta ciò che gli fa ottenere il contrario. È estremamente determinato nel voler diventare la Falce della Morte di Shinigami, tuttavia poiché ha mangiato l'anima di una gatta invece che di una strega nel primo episodio, è costretto a ricominciare da capo. Lui e Maka formano una coppia molto affiatata.

Black Star
Maestro di lama oscura. Black Star è il personaggio con più sicurezza in se stesso e trasforma ogni missione in un piccolo Show volto ad attirare l'attenzione su di sé. È completamente convinto di essere il migliore in assoluto e di poter sorpassare anche dio, infatti non riesce a sopportare quando qualcuno attira l'attenzione più di lui.

Tsubaki Nakatsukasa
L'arma ninja mutaforma (in grado di cambiare forma a seconda delle necessità del meister) di Black Star. Ha un carattere accomodante e cooperativo ed è l'unica a riuscire a seguire nelle sue imprese Black Star, che di per sé non conosce limiti nell'eccesso. Generalmente si trasforma in una coppia di falcetti legata da una catena, ma altre volte in uno Shuriken o in una bomba fumogena. Sembra molto abbattuta quando una missione per rimediare uova di Kishin fallisce, ma Black Star riesce sempre a tirarla su di morale.

Death The Kid
è il figlio di Shinigami-sama. È un allievo molto dotato e si rivela essere sempre chic. Adora la simmetria e tutto deve essere perfetto, ama le cose simili ed ordinate. Ovviamente è paranoico e cinico, ossessionato follemente dalle cose perfette, e alla minima imperfezione si infuria e può anche spaccare tutto. La sua sfuriata termina con una critica a se stesso, per poi essere consolato da Liz o Patty. Questa sua mania avviene anche quando sono nel bel mezzo di una missione: a quel punto Kid si convince di aver dimenticato di controllare se tutto fosse simmetrico prima di uscire di casa, e va a ricontrollare subito.

Liz e Patty Thompson
Sono le pistole gemelle di Death the Kid, ma la loro "simmetria" si ferma al loro aspetto quando sono armi da fuoco. Liz è alta, ha i capelli lunghi e biondo scuro, e lo sguardo da dura. È piuttosto fifona, e per questo anche la più assennata. Di solito è lei che consola Death the Kid quando si demoralizza. Patty è bassa, ha i capelli corti e biondo chiaro e due grandi occhi azzurri molto luminosi. Si comporta spesso come una stupida e non sembra avere paura di nulla. Quando Death the Kid si demoralizza scoppia sempre a ridere.

Spirit
Padre di Maka e unico death-scythe con residenza fissa a Death City, è stato l'arma di Franken Stein ma si separarono e lui diventò l'arma della madre di Maka fino a quando è salito di grado diventando l'arma di Shinigami-sama che non lo trasferisce perché è l'unico che sotto forma di arma abbia la forma di una falce. Sta divorziando dalla moglie che ha la figlia in affidamento si preoccupa moltissimo della stess facendo anche cose sconvolgenti.

Franken Stein
Fu il meister di Spirit. Come si deduce dal nome è ispirato all'omonimo professore, pieno di cicatrici che sembrano causate da varie operazioni chirurgiche e con una grossa vite piantata nel cranio che continua ad avvitare. All'interno di lui c'è della pazzia repressa che dopo il risveglio del Kishin si fa sempre più accentuata.

Sid Barett
Uno dei professori della scuola, nelle prime puntate è umano ma dopo per via di un incidente diventa uno zombie; mette quasi sempre alla fine delle sue frasi "ero una persona del genere"; è un meister e la sua arma è un pugnale, sporadicamente usa anche la sua lapide come arma.

Shinigami-sama
Preside della scuola è il dio della morte, utilizza spesso un linguaggio infantile perché dice di essersi abituato a parlare così stando a scuola ed è stato lui a far addormentare il Kishin dopo avergli strappato la pelle e averlo rinchiuso nella stessa. La sua anima è stata legata a Death City in seguito alla battaglia contro il Kishin, per questo non si può allontanare perché se no dovrebbe portarsi tutta la città dietro. È solito infliggere punizioni utilizzando il temuto Shinigami Chop, un colpo portato con l'enorme mano sulla testa del malcapitato.

Blair
Una gatta in grado di assumere forma umana. In questa forma appare come un'affascinante ragazza dai capelli violacei. Cerca sempre di attirare su di sé l'attenzione. In forma animale appare come un semplice gatto. Maka e Soul crederanno che Blair sia una una strega e dopo averla sconfitta e assimilata si rendono conto di aver preso un granchio.

Medusa
potente strega capace di controllare i serpenti, che si è infiltrata nella Shibusen camuffandosi da infermiera con lo scopo di svolgere esperimenti sul Sangue Nero. In particolare è interessata a controllare lo sviluppo del Sangue Nero che Crona ha trasferito nel corpo di Soul in seguito ad uno scontro tra Crona e Maka. E' fondamentalmente l'antagonista principale della prima parte della storia di Soul Eater. I suoi attacchi sfruttano principalmente il potere dei vettori. Medusa ha sulle braccia due tatuaggi a forma di serpente, nonché un gran numero di serpenti sotto la propria pelle, che è in grado di controllare con la magia e sfruttare in diversi modi. È anche la madre di Crona, ed è stata lei a infondergli nel corpo il Sangue Nero e, con esso, la potente arma Ragnarok.

Eruka Frog
è una strega; fa la sua apparizione durante una riunione di streghe alla quale partecipa anche Medusa, e fin da subito si mostra sospettosa verso di lei, a causa della sua pericolosa infiltrazione all'interno della Shibusen, che metteva a rischio l'incolumità di tutte le streghe. Per questo, insieme all'amica Mizune, decide di uccidere Medusa tendendole un tranello e mettendo così fine ai suoi progetti ed esperimenti misteriosi. Tuttavia il loro piano non va a buon fine, poiché Medusa, grazie a dei serpenti magici, uccide Mizune e minaccia di fare lo stesso con Eruka se non fosse passata dalla sua parte. Da quel momento Eruka diventa un'assistente di Medusa, aiutandola nei suoi progetti in cambio della promessa che Medusa avrebbe eliminato un serpente dal suo corpo per ogni lavoro portato a compimento. Eruka ama la distruzione, per cui è molto felice di essere una strega. I suoi poteri riguardano principalmente le rane. Può inoltre trasformarsi a piacimento in rana per scappare dalle situazioni di pericolo o per spiare senza essere vista, fatto che tornerà più utile a Medusa che a lei. É molto amica delle sorelle Mizune, e si sente dispiaciuta nel mentire loro per ottenerne la collaborazione. Il nome Eruka è l'anagramma di Kaeru, che significa "rana" in giapponese.

Free
è un lupo mannaro che è stato imprigionato nel Carcere delle Streghe per aver rubato l'occhio sinistro della strega suprema Mabaa. È un discendente del Clan Immortale, quindi non può morire e per questo è stato incarcerato invece di essere ucciso. Il suo vero nome è stato dimenticato, per cui si è chiamato Free dopo essere fuggito dalla prigione con l'aiuto di Eruka Frog. Sopra l'occhio sinistro Free ha tatuata la scritta "NOFUTURE". Ha una personalità ingenua, come dimostra ad esempio il suo tentativo di fuggire dal Carcere delle Streghe usando un cucchiaio, che viene mandato a monte dal fatto che il cibo della prigione viene servito con dei bastoncini. Free ha un carattere protettivo nei confronti di Eruka, che sorveglia costantemente. È solito combattere usando la palla di ferro incatenata al suo piede, ha la capacità di trasformarsi in lupo, nella cui forma è in grado di adoperare la propria coda come arma offensiva e difensiva. È in grado anche di sfruttare la capacità magica del ghiaccio, sebbene non abbia avuto la possibilità di esercitarla durante la lunga prigionia (alle volte si colpisce da solo). Questo tipo di magia è affine a quella usata dalle streghe, e necessita di una sorta di mantra prima di essere scagliata sotto forma di incantesimo: il mantra di Free suona come "Wolf wolves wolf wolves". Free è inoltre in grado di usare una serie di magie derivanti dal potere del suo occhio magico rubato a Mabaa.

Mizune
è il cognome di un'ampia famiglia di streghe tutte molto simili fra loro e che hanno come animali caratteristici i topi. Le streghe Mizune parlano solo dicendo chi, ma non hanno problemi a farsi capire dalle altre streghe. Una delle sorelle Mizune è presentata inizialmente come un'amica di Eruka Frog, e come lei non vede di buon occhio Medusa e i suoi esperimenti alla Shibusen; le due tentano così di eliminarla, ma durante l'imboscata Mizune viene uccisa da uno dei serpenti che Medusa aveva impiantato nel suo corpo e in quello di Eruka. In seguito, cinque membri si uniscono a Medusa dopo che Eruka, mentendo, aveva riferito loro che la loro sorella era stata uccisa da uno studente della Shibusen, e contribuiscono alla distruzione di Death City durante il piano per il risveglio del Kishin. Questi cinque membri sono in grado di combinarsi in un unico corpo, ottenendo la capacità di parlare. Quando sono in questa forma appaiono come un'attraente giovane donna. Il nome di Mizune è l'anagramma del termine giapponese Nezumi, che significa "topo".